На материалах фондов сотрудниками музея создаются различные выставки интересных экспонатов, отдельных коллекций, тематические выставки к памятным датам, юбилеям крупных ученых. Постоянно оказывается научно-методическая помощь сотрудникам и студентам университета по всем вопросам, связанным с его историей и традициями. Научная работа музея включает в себя систематическую обработку и описание фондов, подготовку путеводителя по музею и каталога фондов, изучение отдельных аспектов истории университета и отечественной науки в целом. Сотрудники музея выступают с публикациями по этим проблемам на страницах университетской прессы, в различных научных изданиях, делают доклады на научных конференциях. При музее работают межведомственный научный семинар "Проблемы истории археологической науки". В декабре 1990 года на базе музея прошла I-ая Всесоюзная научная конференция "Проблемы истории отечественной археологии", в 1993 г. материалы этой конференции были изданы. Музеем так же был издан в 1995 г. 1-ый выпуск трудов семинара под названием "Санкт-Петербург и отечественная археология. Историографические очерки." Музей непосредственно участвовал в организации и проведении международных конференций: к 150-летию А.А.Иностранцева 1994 г., к 100-летию В.И.Равдоникаса 1995 г., "Традиции отечественной палеоэтнологии" 1997 г. Подготовлена к печати рукопись воспоминаний А.А.Иностранцева, хранящаяся в фондах музея (опубликована в 1998 г. в издательстве "Петербургское Востоковедение")

        Существенной частью деятельности музея является культурно-просветительная работа по пропаганде истории и традиций нашего университета. Кроме обзорной экскурсии, в музее проводятся тематические экскурсии, публичные лекции,  учебные занятия. Постоянными посетителями музея являются студенты всех факультетов, гости университета самых различных рангов, стажеры, слушатели летних курсов русского языка, обменные группы из зарубежных университетов, школьники старших классов. Красивый архитектурный интерьер и прекрасная акустика большого зала позволяют использовать его для проведения концертов классической и духовной музыки. В музее выступали музыкальные коллективы университета (Камерный оркестр, Студенческий хор), хор Духовной Академии, зарубежные исполнители.

        В 1989 г. на хорах Актового зала организована Выставочная галерея музея (площадь 200 кв. м), в которой проходят интересные выставки художников и фотографов из разных стран мира. Первая выставка "Констант 90", организованная при содействии Стокгольмского университета, впервые за многие десятилетия в нашем городе продемонстрировала работы современных художников Швеции. В дальнейшем,  Музей истории университета организовал серию выставок на которых были представлены экспонаты, рассказывающие о современной культуре некоторых западно-европейских стран (выставки из Дании и Германии), традиционной и современной культуре Японии (выставка японской фотографии), а также ряд выставок посвященных искусству Петербурга, в которых участвовали многие известные современные художники.