В 1961-65 гг. Б.К.Мартыненко обучался в заочной аспирантуре Института теоретической астрономии АН СССР, в 1966 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Лунно-солнечные возмущения первого прядка в движении искусственных спутников»;  в 1967-68 гг. проходил научную стажировку  в Дании (г.Копенгаген) под руководством профессора П.Наура, известного ученого по теоретической астрономии  и технологии и архитектуры программного обеспечения.

      В  1969-1976  гг.  Б.К.Мартыненко  –  заведующий лабораторией системного программирования ВЦ ЛГУ;   с  1972 г.  –  доцент  кафедры  математического обеспечения ЭВМ и с 1996 по 1999 г.   кафедры информатики Математико-механического факультета. Основные научные результаты Б.К.Мартыненко  в  этот период  лежат в области  теории и  технологии трансляции, некоторые из них вопрощены в инструментально-технологическом комплексе «Syntax».

        В 1998 г. Б.К.Мартыненко защитил докторскую диссертацию по специальности 05.13.17 – теоретическое основы информатики на тему «Синтаксически управляемая обработка данных» по научной монографии с тем же названием. С 1999 г. по настоящее время Б.К.Мартыненко -  профессор кафедры информатики Санкт-Петербургского государственного университета; в течение ряда лет был ученым секретарем диссертационного совета.

         Борис Константинович – блестящий лектор и педагог.  В разные годы он читал лекции по языкам программирования, специальные курсы по трансляторам (первая постановка курса в Университете) и технологии трансляции, руководил курсовыми и дипломными работами студентов, научной работой аспирантов. В 2004 г.  Издательством Санкт-Петербургского университета было опубликовано учебное пособие Б.К.Мартыненко «Языки и трансляции». В настоящее время он читает годовой курс «Теория формальных языков и трансляции» с практическими занятиями потоку третьего курса на  Отделении информатики Математико-механического  факультета. В 2006 г. Б.К.Мартыненко была присуждена университетская премия «За педагогическое мастерство».