В 1953 г. за работу «Применение метода функционалов Фока к задаче о собственной энергии» Ю. В. Новожилову была присуждена университетская премия первой степени Цикл работ Ю. В. Новожилова в области квантовой теории поля был удостоен университетской премии первой степени в 1960 г.

        Ю. В. Новожилов — автор более 160 работ. Заслуженной популярностью пользуется изданная на русском языке книга Ю. В. Новожилова «Элементарные частицы» (М.; Л., 1963), переведенная на английский, немецкий, польский, румынский, чешский и китайский языки. В 1978 г. Ю. В. Новожиловым (совместно с Ю. А. Яппой) опубликован учебник для университетов «Электродинамика», впоследствии дважды изданный на английском языке.

        Сегодня можно по праву говорить о школе теоретиков, созданной Ю. В. Новожиловым. Среди его питомцев — 4 заведующих кафедрами, 15 докторов наук, более трех десятков кандидатов наук.  В 1960–1964 гг. Ю. В. Новожилов — проректор ЛГУ по научной работе. В сложное время перед переездом в Петергоф работал деканом физического факультета (1968–1972). В 1973– 1981 гг. Ю. В. Новожилов занимал ответственные посты на работе за рубежом: директора департамента научной политики и информации, а затем заместителя директора сектора науки ЮНЕСКО. В 1991 г. по инициативе Ю. В. Новожилова была создана ежегодная Международная школа физики ЮНЕСКО, которая в год столетнего юбилея академика В. А. Фока была переименована в Международную школу молодых ученых по физике им. В. А. Фока.

        С 1986 г. Юрий Викторович — заведующий отделом теоретической физики Института физики им. В. А. Фока Ленинградского—С.-Петербургского университета. Он председатель диссертационного совета по физике атомного ядра и элементарных частиц, член диссертационного совета по теоретической физике, в течение длительного времени член Ученого совета университета и Физического учебно-научного центра СПбГУ, вице-президент Физического общества СССР, вице-президент Евразийского физического общества (1991–2006), член Совета ЮНЕСКО по физике, член Международной ассоциации математической физики, действительный член Академии естественных наук (РАЕН).

        Ю. В. Новожилов продолжает активно работать на кафедре физики высоких энергий и элементарных частиц физического факультета во всеоружии своего таланта, полный энергии и многих идей, окруженный многочисленными учениками, представляющими научную школу его имени.

        Ю. В. Новожилову присвоены звания «Заслуженный деятель науки Российской Федерации» и «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации», он награжден орденом «Знак Почета» и медалями, удостоен серебряной медали А. Эйнштейна.