В 1971 г. А.Н. Пинегин защитил кандидатскую диссертацию, в 1986 г. ему присвоено звание доцента. А.Н. Пинегин является одним из ведущих специалистов СПбГУ в области радиофизики и в течении 50 лет плодотворно совмещает преподавательскую работу с научными исследованиями – под его руководством подготовлено более 60 дипломных и магистерских работ, Многие поколения студентов-физиков с интересом слушали его фундаментальный курс лекций «Физические основы радиоэлектроники». Результаты научных исследований А.С.Пинегина отражены более чем в 70 научных трудах. Он участвовал в десятках НИОКР важнейшей тематики. Наряду с работами в области распространения радиоволн, А.Н. Пинегин в сотрудничестве с учеными Военно-медицинской академии внес существенный вклад в развитие новых методов диагностики сердечнососудистых заболеваний.