Вся трудовая более чем 50-летняя деятельность В.Л. Рапопорта связана с Санкт-Петербургском государственным университетом. После окончания Физического факультета в 1961 г. он был оставлен академиком А.Н. Терениным в аспирантуре, с 1964 по 1969 год работал ассистентом Кафедры биомолекулярной и фотонной физики, с 1969 по 1976 год – мнс, с 1976 по 1993 – снс, с 1993 по 1998 – внс НИИ физики, с 1998 года – профессор Физического факультета.

Кандидатская диссертация защищена в 1969 году, докторская – в 1993 году в МГУ.

С 1964 г. В.Л. Рапопорт подготовил и читал курс "Электронные явления в адсорбции" (1964), подготовил и читает курсы: "Молекулярная фотобиология" (1970), "Фотоника биомолекул" (1994) на Физическом факультете. С 1998 г. подготовил и читает курс "Концепции современного естествознания" на гуманитарных факультетах. Соавтор магистерской программы "Бимолекулярная и химическая физика".

В.Л. Рапопорт руководил рядом важнейших госбюджетных и договорных тем, проводившихся по постановлениям ЦК КПСС и СМ СССР и ГКНТ СССР о развитии физико-химической биологии и биотехнологии. Под его руководством защищено 5 кандидатских диссертаций и около 50 дипломных работ, бакалаврских и магистерских диссертаций. В.Л. Рапопорт – автор более 100 публикаций.

В.Л. Рапопорт с учениками получил ряд существенно новых результатов в различных научных направлениях: искусственный фотосинтез, молекулярная фотобиология, теория происхождения жизни. Основные результаты многократно докладывались на всесоюзных и международных конференциях, часть результатов вошла в зарубежные обзоры.

В настоящее время группа В.Л. Рапопорта работает над проблемой моделирования первичных стадий молекулярной эволюции. Люминесцентными методами были обнаружены прочносвязанные стопочные агрегаты нуклеиновых оснований в воде. Было предположено, что эти агрегаты могут являться предшественниками РНК в молекулярной эволюции и первыми генетическими матрицами. Получены надежные экспериментальные результаты, подтверждающие эту гипотезу и завоевавшие признание научной общественности. Последние четыре года группа В.Л. Рапопорта активно участвует в работе по Программам №18 и №15 Президиума РАН "Происхождение и эволюция биосферы" (Подпрограмма №1, руководитель акад. Э.М. Галимов).

В.Л.Рапопорт ведет активную научно-организационную и общественную деятельность. С 1980 года он является членом научного совета РАН "Люминесценция и ее применения в народном хозяйстве". Он являлся членом оргкомитетов ряда Всесоюзных и международных конференций, в 2007 г. являлся председателем оргкомитета международной конференции «Происхождение и эволюция биосферы и фотоника нуклеиновых кислот». В течение ряда лет входил в состав университетского Совета по физико-химической биологии.

Виктора Львовича отличают такие черты как профессионализм, широта интересов, принципиальность и активная жизненная позиция. Эти качества позволили ему завоевать авторитет у сотрудников физического факультета и НИИ физики.