Е.В. Прохватилов свыше 50 лет связан с Ленинградским, ныне Санкт-Петербургским госуниверситетом. С 1960 г. по 1965г. он студент физического факультета, с 1965г. по 1968г. – аспирант кафедры теории ядра и элементарных частиц, с 1968г. по настоящее время работает в отделе теоретической физики и на кафедре физики высоких энергий и элементарных частиц. Е.В. Прохватилов прошел последовательно путь от младшего научного сотрудника, старшего научного сотрудника до должности ведущего научного сотрудника (с 1997 г.), вел педагогическую работу в качестве доцента и, в настоящее время, профессора. В 1996 г. он защитил докторскую диссертацию в области теории элементарных частиц.
За время работы в университете Е.В. Прохватилов проявил себя как плодотворно работающий ученый, им опубликовано свыше 60 научных трудов в престижных отечественных и зарубежных журналах. Им развиты многие направления исследований кафедры физики высоких энергий и элементарных частиц, его вклад в развитие такого направления как «Квантовая теория поля на световом фронте» признан международным научным сообществом. Е.В. Прохватилов пользуется научным авторитетом и уважением среди коллег, является членом Диссертационного Совета по физике атомного ядра и элементарных частиц. Под руководством Е.В. Прохватилова защищено множество дипломных, бакалаврских и магистерских работ, а также несколько кандидатских диссертаций. Его ученики работают в ведущих российских вузах, а также в научно-исследовательских центрах других стран. С участием Е.В. Прохватилова на кафедре выпоняются работы по различным грантам Роснауки и Рособразования. Е.В. Прохватилов также активно участвует в международных научных проектах.
Е.В. Прохватилов является не только ученым высокой квлификации, но и прекрасным воспитателем и педагогом. На протяжении многих лет для студентов физического факультета СПбГУ он читал различные курсы лекций, являющиеся основными для студентов, обучающихся по специальности «Теоретическая физика». В настоящее время Е.В. Прохватилов читает специальные курсы лекций для студентов кафедры физики высоких энергий и элементарных частиц “Современные проблемы физики: квантовая теория поля и элементарные частицы” и “Каноническое квантование калибровочных теорий”. Он является соавтором нескольких учебных пособий. В течение ряда лет был одним из лучших кураторов студенческих групп, возглавлял работу общества «Знание» на физическом факультете, участвовал в работе предметных комиссий физического факультета.