Немцы продвигались очень быстро и к сентябрю уже вошли в Крым. Курсантов трех севастопольских высших военно-морских училищ зачислили в так называемый курсантский морской сухопутный полк и бросили под Симферополь. Город уже горел, да и силы были явно неравны. От трех училищ в живых осталось одно. Из остатков полка был сформирован батальон: Антон Алексеевич был помощником командира курсантского взвода, у бойцов которого не было никакого иного оружия, кроме самозарядных винтовок. Во время отступления из Севастополя он был тяжело ранен и в течение двух с половиной месяцев проходил лечение в госпитале.
В осажденный Ленинград Канарейкин А.А. прибыл в январе 1943 года и до конца войны воевал в составе Первой гвардейской морской железнодорожной артиллерийской бригады. После двух прорывов блокады бригада освобождала Ленинградскую область, Эстонию и Латвию, дошли до Кенигсберга. Потом был Тихоокеанский флот.
День победы Антон Алексеевич встретил во Владивостоке, на крейсере "Калинин". Очень скоро вернулся в Ленинград, чтобы закончить обучение. И вскоре экстерном закончил Военно-морское училище им.Фрунзе, поступил в Военно-морскую академию. Там же закончил аспирантуру и защитил кандидатскую диссертацию. В военно-морской академии Канарейкин А.А. работал на кафедре кибернетики, его работа была связана с процессами управления кораблем. А после демобилизации по возрасту в 1975 году Антон Алексеевич перешел на экономический факультет СПБГУ, на кафедру экономической кибернетики, где до сих пор преподает в должности доцента.