Исторически СПбОЕ складывалось из отделений "Ботаники", "Зоологии и Физиологии" и "Геологии и Минералогии". Впоследствии в рамках Общества сформировалась разветвленная система секций, отражающая растущую специализацию естествознания и появление новых междисциплинарных областей деятельности. В настоящий момент число секций и образований, действующих на правах секций, достигло 19. В структуре общества созданы и плодотворно работают научно-производственный центр "Эко-Сервис", Балтийский фонд природы, Центр экспертиз "Эком". Секция "Курашовская" составляет основу группы, ведущей стационарные исследования на острове Валаам ("центр Валаам"). На основе четырехстороннего договора с Санкт-Петербургским Университетом, Нижне-Свирским заповедником и администрациейц Лодейнопольского района создан учебный центр Стрелкова.

        Верховный орган управления Общества √ Общее собрание, которое проводится не реже одного раза в пять лет. В промежутках между общими собраниями управление доверяется Ученому совету, во главе которого стоит Президент Общества.

 

        Средства Общества формируются за счет членских взносов, грантов, отчислений от предпринимательской деятельности и добровольных пожертвований. Значительную материальную помощь оказывает Обществу Санкт-Петербургский государственный университет, предоставляющий на договорной основе помещения для проведения заседаний Общества, для библиотеки и офисов НПЦ "Эко-Сервис" и Балтийского фонда природы.